Workflow Based Biocomputing Platform with Standardized GUI

Analysis  of  biological  data  is  complex  and  requires  highly  flexible  analysis  tools.  Each  of  these  tools  generates  vast  amounts  of  biological  data.  In  spite  of  recent  advances  in  workflow  based  data  analysis,  little  effort  has  been  made  in  the  development  of new mechanism  for  the  automated storage, integration and management of the flow of analysis data.   The  reproducibility  of  scientific  experiments  is  one  of  the  most  important  characteristics  in  analysis tools. However, currently available analysis tools have only limited provenance support.  The  aim  of  this  work  is  to  develop  a  data  management  framework  (Portable  Project  Management  System)  that  is  optimized  to  manage,  store,  integrate  and  secure  the  data  stream  generated  during  entire  analysis  processes.  A  complete  recording  of  the  processes  is  of  very  high scientific importance.  The  Portable  Project  Management  System  (PPMS©)  Server  was  developed  as  a  Soap  based  Web  Service.  This system supports multiple analysis  tools;  special focus  was  set  on  compatibility  with  the  ARC  Analysis  Platform.  In  addition  to  remote  usage  mechanism,  local  storage  mechanisms  for offline usage are also supported.   The  system  contains  a  project  model  which  defines  the  constraints  to  pack  all  analysis  data.  It  further  has  an  integrated  provenance  support  which  caters  for  the  logging  of  all  the  executed  processes.  A  special  feature records parameter settings from all analysis runs, and thus enables to rerun legacy pipelines.   Finally,  as  the  PPMS©  Server  is  offered  as Soap based Web Service, it is accessible to other systems, independent of the platform used.